Mùa giải bóng đá đại học năm 2003 là mùa giải đầu tiên thực sự gây tranh cãi cho Giải vô địch bóng bầu dục Series. Ba đội LSU, Oklahoma và USC chỉ thua một trận và giành quyền vào chơi trận tranh chức vô địch. BCS xếp USC ở vị trí thứ ba trong cuộc bình chọn cuối cùng mặc dù đã giành được vị trí cao nhất trong cả cuộc bình chọn của AP và Huấn luyện viên. Tuy nhiên, với vị trí thứ ba tại BCS, họ đã bị loại khỏi ván đấu cuối cùng. Chiến thắng của USC đảm bảo một phần của danh hiệu quốc gia, nhưng họ buộc phải chia sẻ nó với LSU đã tự động giành chiến thắng trong cuộc bình chọn của Huấn luyện viên bằng cách giành chức vô địch BCS Quốc gia.
Năm tiếp theo, 2004, đã đặt ra một tình huống khó xử thậm chí còn lớn hơn. Ba đội từ các kỳ đại hội BCS đều đã kết thúc mùa giải bất bại. USC đã thắng Pac 10; Oklahoma đã giành được Big 12 và Auburn đã giành được SEC. Mặc dù SEC được cho là kỳ đại hội khắc nghiệt nhất năm đó, Auburn không được đánh giá cao vào đầu mùa giải, và chưa bao giờ vượt qua USC hoặc OU trong bảng tin mourinho xếp hạng BCS. Điều này khiến Auburn bất bại không có cơ hội chơi cho danh hiệu quốc gia. USC sau đó đã phá hủy OU 55-19, và AP đã bình chọn họ là số một, và Auburn thậm chí không được chia danh hiệu. Auburn đã vượt qua vòng găng trong SEC, vẫn bất bại và thậm chí không được trao cơ hội thi đấu cho chức vô địch. Auburn tiếp tục đánh bại Virginia Tech ở Sugar Bowl để kết thúc mùa giải bất bại. Utah cũng bất bại trong năm 2004, nhưng vì họ tham dự giải Mountain West nhỏ hơn, họ bị lu mờ bởi ba đội còn lại.
Vấn đề lớn nhất của Auburn là họ trông không đủ đẹp trong buổi tập mùa xuân. Bất chấp việc BCS cố gắng hạn chế nhận thức trước mùa giải, USC và OU lần lượt bắt đầu mùa giải thứ nhất và thứ hai trong cuộc thăm dò của AP và Huấn luyện viên, chiếm 2/3 công thức BCS. Auburn bắt đầu ở vị trí thứ 17 trong AP và 18 trong cuộc bình chọn của Huấn luyện viên. Mặc dù giành chiến thắng trong tất cả các trò chơi của mình, họ không bao giờ có thể nhảy USC hoặc OU, và do đó bị loại khỏi trò chơi lớn.